In der geologisch-paläontologischen Präparationswerkstatt werden Fossilien, Mineralien und Gesteine präpariert. Je nach Funktion des Objektes wird dabei die Präparationstechnik ausgewählt. Präpariert wird für Sammlungen, Forschung, Vermittlung und Ausstellung.

Zu den Techniken gehören das mechanische Freipräparieren von Fossilien aus dem umgebenden Sedimentgestein mittels Druckluftstichel oder auf chemischem Wege, Dünnschlifftechnik, Abgusstechnik und Kolorierung sowie das Konservieren von Sammlungsobjekten. Zu den Expertisen der Werkstatt zählen zudem Dioramenbau, Szenographie, 3D-Druck und Modellbau.

Die geologisch-paläontologschen Praparatoren und Präparatorinnen sind regelmäßig an Grabungen und Blockbergungen im Rahmen der paläontologschen Bodendenkmalpflege aktiv und haben entsprechende Fachexpertisen im Bereich der Grabungstechnik.

Die geologische Präparationswerkstatt ist Teil der Zentralen Präparationswerkstatt für Nordrhein-Westfalen. Die Präparatoren und Präparatorinnen des Museums können im Rahmen ihrer zeitlichen Möglichkeiten Auftragsarbeiten für andere Museen und öffentlich-rechtliche Bildungseinrichtungen in Nordrhein-Westfalen annehmen.