Zu den wertvollsten Sammlungen in Münster gehört das Herbarium des niederländischen Arztes Johann Albert Luyken (1784 - 1867), der bereits als Schüler in der Umgebung von Detmold Pflanzen sammelte und diese Sammlung auf seiner zweijährigen Reise durch Europa, bei der er viele bekannte Botaniker seiner Zeit traf und mit ihnen Pflanzen tauschte, vergrößerte. Die Sammlung Luyken kam im Jahr 1936 als Schenkung in das Museum und umfasst mehr als 8000 Aufsammlungen von Farn- und Blütenpflanzen sowie Moose, Flechten und Pilze aus der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Alle Belege wurden auf ihren Originalbögen montiert und in der Herbardatenbank erfasst. Die große Bedeutung dieses Herbariums liegt darin, dass sich hier die ältesten Aufsammlungen aus Westfalen befinden und er im Kontakt mit anderen bedeutenden westfälischen Sammlern, wie z.B. August Weihe (1879 – 1834) aus Menninghüffen bei Herford stand.